El organigrama directivo de la Escuela Superior de Gestión Pública lo encabeza la ONG Cooperación Internacional. Como su creador, este organismo implantará las líneas de desarrollo y las funciones que cada una de las otras entidades implicadas en el proyecto deba emprender. Además, también es labor de Cooperación Internacional, en su papel de Director de la Escuela, gestionar los fondos destinados a este proyecto.
La Dirección de la ESGP será, asimismo, quien designe las demás cúpulas de organización de la Escuela. La Gerencia de la misma será, por tanto, nombrada por la Dirección y su tarea fundamental es la de organizar la comunicación interna.
Este organismo, además, tiene un papel muy importante en su relación con el Comité Académico, que es el órgano asesor de la Dirección formado por profesores universitarios y expertos en las relaciones institucionales.
De la Gerencia también dependen los Gestores Nacionales, es decir, los encargados de llevar a la práctica la formación presencial de los alumnos en cada país, así como las cuestiones relativas al asesoramiento y la consultoría. Recae sobre los gestores la tarea de incorporar nuevas entidades colaboradoras al proyecto, y también del traslado de los alumnos que formen parte del módulo formativo en España.